约翰"杰克" M. 沙利文

在过去的十年中，我们对核苷酸取代(DNA序列进化)过程的理解得到了极大的扩展. 此外, 很明显，忽略碱组成的异质性等过程是不可能的, 替换模式, 和核苷酸位点之间的速率变化可能会损害从DNA序列数据估计系统发育的尝试. 因此, 基于模型的DNA序列数据分析已经变得越来越广泛，因为这种方法为研究者提供了明确解释这些过程的机会.

• 系统的方法
  系统发育分析, 进化树的估计, 已经成为进化生物学的基石. 除了在进化生物学中更为传统的应用之外，分子系统发生学(i.e., 从分子数据(如DNA序列)估计的系统发育学正被应用于越来越广泛的学科领域. 其中包括生物医学(例如:生物医学).g.追踪艾滋病毒和其他病原体的感染途径)、生物信息学(如.g., 基因组进化), 和法医学(从HIV序列中估计的系统发育最近被允许作为谋杀审判的证据). 正因为如此, 系统发育方法的发展和测试具有至关重要和极其广泛的相关性. 此外, 分子序列数据的大量涌入和采用明确的统计方法进行数据分析，导致需要改进系统发育推断方法.
• 比较Phylogeography
  本项目在明确的生物地理和景观假设的背景下，调查了太平洋西北地区mesic森林多种元素的遗传多样性，这些假设可以做出可测试的遗传预测. 本研究的总体目标是区分过去地质和气候事件与当前景观水平过程对几种共分布的高原森林物种遗传变异地理结构的影响.
• 花栗鼠基因流分化
  确定动物物种形成过程中杂交的频率和遗传影响仍然是进化生物学中一个核心和未解决的问题. 如果生殖隔离是不完全的，当新生物种接触, 即使是适度的基因流动也可能导致种群融合. 因此，动物物种之间的反复杂交传统上被认为是罕见的. 另外, 尽管基因流动在进行，但导致物种形成的遗传因素可能在不同种群之间继续积累, 最终导致了完全生殖隔离的进化. 与第二种模式一致(与基因流相背离), 最近的一些研究表明，尽管高水平的隐杂交和渐渗，近亲分类群可能保持分化. 美国西部花栗鼠的辐射(Tamias,亚属 Neotamias)代表了一个极好的基因流多样化研究体系. 因此, 我们正在使用不同的数据集估计该属的系统发育, 包括mtDNA, ncDNA.